Estar com o CNPJ irregular significa que existe alguma pendência da pessoa jurídica com a Receita Federal, e isso pode acontecer por diversos motivos.
Se o seu CNPJ está irregular (suspenso, inapto, baixado ou nulo) será preciso procurar a Receita Federal para entender quais motivos levaram o órgão a alterar a situação cadastral de sua empresa.